秘會表面的和諧終于分崩離析，天目山與船家的人正式向共黨拔槍開火。陳植吩咐邱宗陵(王鋼 飾)發(fā)報明碼“驚蟄”，邱宗陵卻趁陳植轉身之后掏出手槍指著他的腦袋，陳植解開外套紐扣露出綁上身上的手雷，說要死一起死。恰在此時，九宮(張殿倫 飾)浴血奮戰(zhàn)到門口，被邱宗陵眼疾手快地開槍打中腹部。陳植急忙掩護九宮逃上天臺。九宮質疑陳植為何不將他們一網(wǎng)打盡，陳植解釋邱宗陵叛變以及縮頭縮尾的笑面暴(岳旸 飾)竟敢出頭，種種跡象都疑點重重。陳植囑咐他一定要活著出去，保護好種子并告訴青山(楊新鳴 飾)，隨即將他推下天臺。

上海灘忽然間淅淅瀝瀝地下起了雨。原本沆瀣一氣的雙車(王雙寶 飾)和笑面暴之間忽然劍拔弩張。陳植正準備返回密室，卻發(fā)現(xiàn)邱宗陵一臉疲憊地對笑面暴說人都死了。笑面暴慫恿拿到種子的邱宗陵一起去領賞慶功，卻被邱宗陵拿槍抵住了腹部。邱宗陵將笑面暴逼迫到天井邊隨即開槍打死笑面暴與他雙雙墜下樓層，他對雙車高聲說船家的人要殺人滅口。這一句話成功點燃了兩方勢力之間的導火線，雙方氣勢洶洶地意欲開打，卻被雙車叫停。陳植默默走進密室發(fā)出了之前未發(fā)出的電報。

正在一棵樹行醫(yī)的醫(yī)療隊長訓斥卞融(瑛子 飾)胡亂派藥和注射器。卞融心里委屈，賭氣說自己把東西要回來。蘆焱(張譯 飾)安慰著卞融，卞融邊哭著說討厭邊抱住了他。

時光(李晨 飾)與手下們正嘲笑著若水手下高泊飛(余皚磊 飾)終于敢離開兩棵樹了，這時一個手下報告他們截獲了共黨發(fā)來的明碼電報“驚蟄”。時光確認電報無誤之后，門栓(王烈 飾)正準備吩咐弟兄們上馬出發(fā)，時光卻交代大家休息，等跟他們一樣覬覦“種子”的高泊飛沒有進展再開始行動。

邱宗陵原來是屠系深藏在共黨中為奪取“種子”而安排的內應“邊炮”，他告訴雙車笑面暴意欲殺他。雙車卻說他拿到種子就可以死了，就算死也不能殺笑面暴，以至于現(xiàn)在引發(fā)屠先生(高捷 飾)與若水之間更深層次的沖突。雙車怒發(fā)沖冠，帶著手下來到密室找到陳植，種子卻已不知所蹤。邱宗陵拉動電臺引發(fā)了小爆炸，本以為會同歸于盡的雙車卻只是被震得耳朵不好使而已，他氣急敗壞地命人狠狠地打陳植。邱宗陵暈倒之前說陳植可能正是通緝榜之首的紅先生，雙車便命人一定要將生死不明的陳植救活過來。后來，他將陳植和邱宗陵雙雙關入牢中。

諸葛騾子(尹元章 飾)向蘆焱解釋驚蟄便是我黨地下組織被連根崛起的危險信號。在此之前發(fā)生過兩次這樣的事。一次是因為出了重大叛徒，另一次便是因為屠先生。種子便是事先留存的備份以及保護這些備份的人，種子的意義在于防止聯(lián)絡網(wǎng)的中斷。而將種子護送到地頭讓種子生根發(fā)芽便是種子成員的任務，哪怕粉身碎骨也不能有辱使命。這次被崛起的站點便是蘆焱的老家上海。然而蘆焱仍是不明白種子為何，他們究竟為什么而活?？赡苓B種子們都不知道是為了什么，也不知道究竟有多少種子。只知道這是個陽謀，種子們都是單線接頭。沒有事的時候種子們都是普通老百姓，有事的時候便把自己的身子往上填，被戲稱為“打兔子”。其實只有一個是真種子，其余的全都是假種子，而只有青山知道這其中的真相。

兩棵樹本有一個連的中央駐軍，卻被兩伙名為馬匪實為暗流的勢力占據(jù)。一伙是屠系手下時光帶領的天外山，另一伙是若水麾下高泊飛的黃沙會。種子們要穿越三棵樹奔赴上海，任重道遠。大約因此，騾子笑說種子間見面常說“送死的人來了”。騾子和蘆焱等種子們要開始啟程了，他們誰都不能知道對方的路線，以免被人在嚴刑逼供之下出賣。蘆焱走之前將攔截孩子們的巴督教痛打一頓，村民們覺得大快人心。