1662年6月鄭成功去世，其長子鄭經(jīng)繼位，在陳永華的輔佐下，明鄭時期的臺灣曾有一段勵精圖治的歲月。儒學文化開始植入，耕地面積大幅拓展，漢移民人數(shù)增加到大約20萬，從此形成臺灣以漢人為主體的移民社會。清廷和鄭氏隔海對峙，兵戎相向，大陸東南沿海地區(qū)人民飽受“禁海遷界”之苦。而臺灣明鄭時期短暫的太平圖景，也隨著鄭經(jīng)借“三藩之亂”爆發(fā)之機，發(fā)兵反攻大陸而終結(jié)。

三十多年間，清鄭雙方曾有十余次和談，但都因政治認同分歧而破局?？滴趸实圩罱K下定以戰(zhàn)促降的決心。在京賦閑十三年的老將施瑯，被再次任命為福建水師提督。1683年6月，施瑯率師出征，一戰(zhàn)克澎湖，大獲全勝。促使鄭氏集團接受招撫，臺灣不戰(zhàn)而降。入臺受降的施瑯，摒棄與鄭氏的個人恩怨，詣廟哭祭鄭成功。臺灣社會在“市不易肆，民不知兵”的情況下，實現(xiàn)了政權(quán)平穩(wěn)過渡。施瑯寫就一篇《恭陳臺灣棄留疏》，力陳把臺灣納入版圖的理由。1664年4月，康熙帝下旨將臺灣正式納入清朝版圖，設立一府三縣，隸屬于福建省。臺灣步入212年的清朝時期。