卓文萱在其著作《GENIE卓文萱1986の獨(dú)立萱言》中寫到,2005年,19歲的卓文萱與比自己相差大十四歲的吉他手楊聲錚戀愛(ài),后二人分手。2021年3月20日,卓文萱在接受某媒體專訪時(shí),承認(rèn)自己與小6歲的男演員許少瑜的戀情,并坦言兩人已經(jīng)交往一年多,狀態(tài)穩(wěn)定。卓文萱可愛(ài)萱萱2010年卓文萱北京演唱會(huì)
2008年11月9日,擔(dān)任雨天街頭募款代言人,紅心字會(huì)公益大使,為弱勢(shì)兒童在街頭募款；12月13日,參加由肯愛(ài)協(xié)會(huì)主辦的“第三屆擁抱愛(ài)：忘憂880用愛(ài)抱抱您”活動(dòng),并擔(dān)任臺(tái)北關(guān)懷憂郁癥患者活動(dòng)代言人,呼吁民眾關(guān)懷憂郁癥患者。2009年6月9日,擔(dān)任《讓愛(ài)轉(zhuǎn)動(dòng)整個(gè)宇宙》群星代言人,并錄制了一首公益歌曲《讓愛(ài)轉(zhuǎn)動(dòng)整個(gè)宇宙》來(lái)紀(jì)念并見(jiàn)證臺(tái)灣人在臺(tái)灣九·二一地震災(zāi)難過(guò)后堅(jiān)強(qiáng)的生命力。2010年1月,卓文萱前往紅心字會(huì)老人服務(wù)中心探視失智老人,并在慶生會(huì)現(xiàn)場(chǎng),將專輯銷售所得的六十萬(wàn)元捐款給弱勢(shì)家庭；3月,與餐飲店連手做公益,為貧童籌募營(yíng)養(yǎng)餐費(fèi)。2012年11月20日,參加某品牌與臺(tái)灣世界展望會(huì)合作舉辦的“用最濃的愛(ài)擁抱全世界”愛(ài)心募集成果記者會(huì),并捐出10頂“Genie親筆簽名變身潮流帽”提供義賣,希望能透過(guò)愛(ài)心義賣,倡導(dǎo)并推動(dòng)公益。2013年,赴越南舉辦“愛(ài)在越南甜心卓文萱,甜心演唱會(huì)”,為越南故鄉(xiāng)人道孤兒院籌募社會(huì)資源,關(guān)懷當(dāng)?shù)厝鮿?shì)兒童。