1999年,侯怡君出演了首部電視劇《君子蘭花》,從而正式進入演藝圈。2000年,在民國情感劇《九龍傳說》中擔(dān)綱女主角,一人分飾二角,飾演了母親月娘和女兒明月。2002年,出演了陳昭榮主演的三立八點檔《臺灣霹靂火》,在劇中飾演楊萬斤的妻子林麗花。2004年,出演了陳昭榮,葉全真主演的三立八點檔《臺灣龍卷風(fēng)》,在劇中飾演壞女人林安娜。侯怡君寫真2006年,受邀擔(dān)任“2006動感地帶娛樂英雄會100強晉級賽”的評委。2008年,在民視八點檔《娘家》中飾演為了替自殺的哥哥償還債務(wù),而到酒店上班的鄭凱莉。2009年,出演了王識賢,李政穎,方馨,柯叔元主演的民視八點檔《夜市人生》,在劇中飾演鄭凱莉,與王識賢,王燦有對手戲。2010年,憑借主持《豬哥會社》獲得第45屆金鐘獎綜藝節(jié)目主持人獎。2011年,客串民視八點檔《父與子》,在劇中飾演名揚集團40周年慶晚宴主持人；同年,出演了首部電影《帶一片風(fēng)景走》,在劇中飾演女一號秀美。2012年,與何豪杰搭檔主持《笑林舞功蓋天下》；之后,出演了由柯叔元,白家綺,王建復(fù)主演的民視八點檔《風(fēng)水世家》,在劇中與陳宇風(fēng)飾演一對戀人；同年,憑借主持《豬哥會社》入圍第47屆金鐘獎綜藝節(jié)目主持人獎。2013年,在7Headlines頻道發(fā)起的“想呼她巴掌的臺灣惡女TOP5”網(wǎng)絡(luò)票選活動中,侯怡君與苗可麗,丁國琳,連靜雯,游詩璟被評為“經(jīng)典臺灣5大惡女代表”。2014年,在除夕特別節(jié)目《民視第一發(fā)發(fā)發(fā)》帶領(lǐng)20名舞者大跳百老匯大秀,收視率最高飆到7.69；同年,出演了王敬聰執(zhí)導(dǎo)的舞臺劇《臺北紐約之小王的后宮任務(wù)》,這是她首次出演舞臺劇。
2012年8月,侯怡君和小她5歲的舞蹈老師卜元在《舞力全開》相識。2012年10月,她答應(yīng)卜元的求婚。2013年2月,卜元在Facebook上公開婚約,甜蜜合照和婚戒。2013年7月,侯怡君與卜元分手。
2010年11月18日出席國際身心障礙日系列活動。2011年出席第九屆罕見疾病獎助學(xué)金頒獎典禮活動。
侯怡君表演功力深厚,無論是好笑荒謬還是令人動容的,她在舞臺上都非常突出。侯怡君演壞女人壞得很徹底,不管是《臺灣龍卷風(fēng)》里的林安娜,還是《臺灣霹靂火》的林麗花,常以潑婦罵街的方式來詮釋壞女人的角色,這樣的表演方式是新奇的,也非常受到觀眾的愛戴。