馮芷墨出生于浙江省金華市,她從小就開始學(xué)習(xí)舞蹈,她5歲時便拍攝了某兒童保健食品的廣告。2002年,馮芷墨獲得浙江省“機靈貝貝”榮譽稱號。馮芷墨10歲遍開始參與電視劇,電影的拍攝；之后,她在金華六中度過了中學(xué)生涯。
馮芷墨的父親原是金華市某服裝廠的廠長,企業(yè)破產(chǎn)后成了一名下崗工人。2008年,馮芷墨在拍攝電視劇《新安家族》的時候,與演員吳孟達因戲結(jié)緣,并認為干親。2009年4月12日,馮芷墨的父親因久病不愈而去世。
2017年1月,馮芷墨參加了由中國社會福利基金會聯(lián)合發(fā)起的“為愛朗讀”公益項目,并被授予“為愛朗讀公益項目愛心大使”榮譽稱號。