羅伯特將杰克遜他們帶到泛大陸的神經(jīng)中樞峰巒一號(hào)，那里是牧羊人科學(xué)家們的實(shí)驗(yàn)室，杰克遜在那里見到了尼爾森博士，才知道羅伯特假死的兩年內(nèi)一直待在那里，而與諾亞計(jì)劃攪和在一起，也是實(shí)驗(yàn)室的安排。

米奇和杰米打算去搶純凈DNA，卻發(fā)現(xiàn)有人先他們一步，用迷藥迷暈了戴維斯的人，而他們進(jìn)去后才發(fā)現(xiàn)，想奪DNA的人竟然是洛根。米奇一見到洛根，便想給洛根打麻醉針，可沒想到洛根穿上了防彈衣，而此時(shí)戴維斯已經(jīng)發(fā)現(xiàn)有人闖入，讓米奇他們不得不跟洛根合作。

米奇將DNA裝車之后離開，卻被戴維斯圍在了門口，他只能假裝在車上裝了裝置，想要拖延戴維斯的時(shí)間，給杰米他們逃跑。戴維斯識(shí)穿了米奇的陰謀，洛根只能拿出自己身上的手榴彈，真的在車上裝上引爆裝置，等他和杰米下車后就馬上引爆，炸毀了車上的DNA。

尼爾森給杰克遜解釋了他們的工作任務(wù)，并說明他們已經(jīng)養(yǎng)了很多鳥，準(zhǔn)備在研制出解藥之后，通過鳥來將解藥以禽流感的方式傳出去，拯救所有動(dòng)物。因?yàn)檠兄平馑庍€差一只劍齒貓，而劍齒貓又非常會(huì)隱藏自己，所以達(dá)瑞拉決定用她來把劍齒貓引出來。亞伯拉罕阻止不了達(dá)瑞拉，只能保護(hù)達(dá)瑞拉，跟里斯一起去找劍齒貓。

因?yàn)镈NA被毀，戴維斯只能下令停止諾亞計(jì)劃，他的副將門薩勸說不了戴維斯只能殺了戴維斯，然后通知繼續(xù)執(zhí)行諾亞計(jì)劃。隨后門薩殺死了其他人，將米奇他們放走，讓他們前往事先安排的地方，準(zhǔn)備去見杰克遜他們。

因?yàn)檫_(dá)瑞拉的出現(xiàn)，劍齒貓被引出來了，亞伯拉罕為了保護(hù)達(dá)瑞拉，被劍齒貓咬著不放，里斯于是趁此機(jī)會(huì)將針打入劍齒貓?bào)w內(nèi)，可沒想到卻被劍齒貓拉著到處跑，里斯不幸犧牲了。達(dá)瑞拉和亞伯拉罕拿到了劍齒貓的DNA，米奇也回來了，而杰克遜的情況則越來越嚴(yán)重，可米奇卻不愿意讓杰克遜再用羅伯特的藥來減緩變異，因?yàn)檫@段時(shí)間動(dòng)物變異很快，他不知道他們的解藥是否來得及阻止動(dòng)物變異。

杰克遜感覺到自己的情況快要控制不住了，他私下要求亞伯拉罕，在他控制不住自己之時(shí)，讓亞伯拉罕親手殺了他，以免他傷害到別人。米奇在實(shí)驗(yàn)室里，看到了治他女兒的藥，他才明白過來，他女兒的病情也是因?yàn)榱_伯特他們的實(shí)驗(yàn)而產(chǎn)生的病。米奇因?yàn)榱_伯特也注射過鬼影基因，而想到了辦法研制解藥，他將羅伯特的血輸送到杰克遜體內(nèi)，增加杰克遜體內(nèi)的濃度，然后再給杰克遜注射血清，排出解藥化合物。

雖然找到了解藥，可杰克遜體內(nèi)的解藥化合物的量根本不夠，杰克遜因此寧愿放干自己的血也要救所有動(dòng)，羅伯特不能讓杰克遜如此犧牲，所以他也讓米奇為他注射，將他的血繼續(xù)輸送給杰克遜，以排出更多的解藥化合物。羅伯特死了，米奇的解藥也研制出來了，正等著釋放那些鳥傳播解藥，這也完成了克洛伊的所愿。

一切大功告成，米奇便想帶著杰米回去見克萊曼婷，讓杰米通知飛行員起飛，這時(shí)她才知道門薩將諾亞計(jì)劃繼續(xù)實(shí)行，毒氣已經(jīng)被釋放了。